การจัดสาระการเรียนรู้และหน่วยกิต ห้องเรียน SMP ให้เป็นไปตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน  พุทธศักราช 2551 (ฉบับปรับปรุง พุทธศักราช 2556 ) ของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษา  ขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ  โครงสร้างหลักสูตรออกแบบรายวิชาเพิ่มเติมเป็นวิชาเลือกตามศักยภาพความถนัด และความสนใจ โดยเน้นด้านวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ และเทคโนโลยี ทั้งนี้เพื่อให้สอดคล้องกับหลักการและเหตุผลในการจัดตั้งห้องเรียน SMP  ในโรงเรียนเป้าหมายพื้นที่จังหวัดปัตตานี

รายวิชาพื้นฐาน 

รายวิชาพื้นฐานของกลุ่มสาระการเรียนรู้ทั้ง 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ ให้ครบจำนวน  41  หน่วยกิต ครอบคลุมสาระการเรียนรู้วิชาพื้นฐานตามหลักสูตรแกนกลาง โดยนักเรียนต้องลงทะเบียนเรียนรายวิชาพื้นฐานครบทุกรายวิชา 

รายวิชาเพิ่มเติม  

รายวิชาเพิ่มเติมของกลุ่มสาระการเรียนรู้ 6 กลุ่มสาระให้ครบจำนวน 51  หน่วยกิต ตามโครงสร้างหลักสูตรที่ออกแบบรายวิชาเพิ่มเติมเพื่อเป็นวิชาเลือกตามศักยภาพ ความถนัดและความสนใจ โดยเน้นด้านวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ และเทคโนโลยี 

วัตถุประสงค์การจัดทำหลักสูตรการเรียนรู้สำหรับโครงการห้องเรียนพิเศษ SMP

    1. เพื่อสร้างหลักสูตรการจัดการเรียนการสอนในโครงการจัดตั้งห้องเรียน พิเศษ SMP

    2. เพื่อพัฒนาและยกระดับคุณภาพการเรียนการสอนของโรงเรียนที่เข้าร่วมโครงการจัดตั้งห้องเรียนพิเศษ SMP ให้มีมาตรฐานเดียวกัน

    3. เพื่อพัฒนาศักยภาพของนักเรียนในโรงเรียนที่เข้าร่วมโครงการจัดตั้งห้องเรียนพิเศษ SMP